集齐所有传说中的宝可梦是许多训练师的终极目标。想要达成这个目标，充足的准备是成功的第一步。你需要提前收集大量的高级精灵球，例如超级球、高级球，大师球更是可遇不可求的珍贵资源。在遭遇神兽前，精心组建你的队伍至关重要，培养至少一只等级足够高且能学会刀背打来控制血量的宝可梦，以及掌握催眠术、麻痹粉等状态技能的宝可梦，能极大提升捕捉效率。通用的技巧在于，将野生神兽的血量削减至红色危险区域，并为其附加睡眠或麻痹状态，这能显著提高精灵球的捕获率。面对这些强大存在，耐心和充足的物资往往比蛮力更有效。
游戏中最具代表性的三圣鸟是许多训练师早期追寻的目标。急冻鸟栖息在双子岛洞穴的最深处，前往那里需要你的宝可梦掌握冲浪和怪力技能，在洞内按照特定顺序推动岩石堵住瀑布，才能抵达它的所在地。闪电鸟则藏身于无人发电厂内部，从枯叶市附近的水域使用冲浪便可到达入口，在迷宫般的发电厂深处便能找到它。火焰鸟位于一號島的燈火山山頂，同样需要冲浪抵达岛屿，并用怪力术推开沿途的巨石才能登顶相见。这三只神兽等级均为50级，属性各异，建议针对其弱点属性配备宝可梦进行战斗，以更安全地将其削弱。
作为本作实力顶点的超梦，其捕捉过程是一场真正的终极挑战。它位于华蓝洞窟的最底层，而这个隐藏洞穴仅在玩家击败石英联盟四大天王并完成七岛的相关剧情后才会开放。进入洞窟需要综合运用冲浪、怪力等多种秘传技能来克服地形障碍。超梦拥有高达70级的等级和极其强大的超能力技能，建议做好万全准备再与其对战。由于它非常强大且会使用自我复原恢复体力，捕捉策略通常是在控制其状态后快速消耗其血量，并适时投掷大师球，若没有大师球，战斗回合数增加而提升捕获率的时间球也是不错的选择。
