要让你的游戏机角色顺利过海，核心技巧在于成功获取并使用秘传学习器冲浪术。这项技能是你的宝可梦学习后，即可在广阔的水域上航行的关键。你需要前往关都地区的沙湖乐园，也就是沙吉市上方的特殊区域，在乐园的最深处可以找到秘传机03冲浪。仅仅拿到它还不够，你必须确保已经击败了枯叶市的电系道馆馆主马志士并获得橙色徽章，这个徽章赋予你在野外使用冲浪技能的权限。将冲浪术教学给你队伍中的一只宝可梦，就可以在任何水域上自由移动了。
掌握冲浪术后，过海本身的操作就变得直接了当。在游戏地图上，面对海洋、河流等蓝色水域时，打开宝可梦菜单，选择已经学会冲浪的宝可梦并使用冲浪技能，角色便会骑乘宝可梦在水面上行进。这不仅是前往新城镇如双子岛的必经之路，也是探索许多水路迷宫、寻找隐藏道具和遭遇水上野生宝可梦的基础。拥有冲浪能力也是挑战某些特定道馆馆主的前提，他们常在水系道馆中等待训练家的挑战。
过海并不仅限于关都本土的水域，更是开启前往七之岛等新区域冒险的大门。但前往这些外岛需要更进一步的剧情推进。你首先必须完成关都地区的主线，即收集齐八枚道馆徽章并击败四天王与冠军，成为联盟冠军。大木博士会给予你新的任务，前往一之岛，在那里你可以从码头乘船前往其他岛屿。这个过程中，你可能会遇到被卡比兽阻挡的道路，这时你需要返回关都地区的紫苑镇，通过幽灵塔剧情解救富士老人以获得宝可梦笛子，用它才能唤醒卡比兽继续前进。
在进行长途跨海航行或探索复杂水道时，合理的队伍配置能提升效率与安全性。建议让一只同时掌握冲浪及攀瀑等水上秘传技能的宝可梦常驻队伍，以便应对各种地形。确保队伍中有足够应对水系、冰系等常见水上野生宝可梦属性的攻击手段，并携带足量的恢复药品，因为水上无法使用快速移动功能，遭遇野生宝可梦的频率较高，需要做好持久探索的准备。
