恢复是维持队伍续航、应对漫长冒险旅程的核心机制之一。恢复手段主要可分为使用道具、宝可梦技能以及前往特定设施三种基本类型。道具恢复是最直接且获取门槛较低的方式，例如在游戏开局阶段，玩家在家中二楼的电脑存储系统中就可以免费获得一个能够回复少量生命值的伤药。游戏进程推进，玩家可以在各大城市的友好商店或百货公司购买到效果更佳的好伤药、厉害伤药乃至能够完全治愈一只宝可梦所有异常状态并回满生命值的全满药。这些消耗品不占用宝可梦的技能格，使用灵活，是冒险背包中的常备物资。
宝可梦自身掌握的恢复技能则为战斗中的持续作战提供了关键保障。这类技能通常需要占用一个技能栏位，但其效果可以多次使用。直接的回复类技能如饮奶和生蛋，能够为自身回复可观的生命值。部分技能兼具攻击与恢复效果，例如吸血和亿万吸收这类吸取对手体力来补充自身生命的招式，在造成伤害的同时有效维系了自身的生存能力。还有一些功能性技能如挖洞，虽然主要用途是脱离战斗或探索，但在特定战术中也能起到规避伤害、间接实现恢复状态的作用。
除了直接回复生命值的技能，游戏中还存在能够解除宝可梦异常状态的技能。异常状态毒、烧伤、麻痹等会持续削弱宝可梦的战斗力，而技能治愈铃声可以治愈全队宝可梦的所有异常状态，是团队辅助的重要技能。秘传学习器闪光虽然主要用于照亮黑暗的洞穴，但获取该技能本身也标志着游戏进程的推进，其获取条件通常与宝可梦的捕获种类数量相关，间接反映了训练师的成长阶段。
探索世界时遇到的特殊恢复方式也不容忽视。分布在各城镇的宝可梦中心是最重要且免费的恢复设施，护士小姐会免费为玩家队伍中的所有宝可梦完全恢复生命值与状态。一些特殊的剧情道具或地点也具备恢复功能，例如皮皮玩偶或与特定人物互动。部分宝可梦在进化时能够完全恢复生命值并清除异常状态，这可以被视为一种计划内的恢复时机。
获取这些恢复能力与资源是游戏进程的一部分。基础恢复道具主要通过购买和剧情拾取获得，例如在常磐市的商店就能进行补充。强力的恢复技能机器则往往作为击败道馆馆主或完成重要剧情任务后的奖励。而秘传技能如闪光的获取，则需要玩家满足一定的探索条件，例如捕获足够多种类的宝可梦后，由特定地点的博士助手赠送。系统性地整合并利用这些多样化的恢复手段，是规划冒险路线、挑战强大训练师与道馆馆主的坚实基础。
